הסרט מציג יריבות טעונה בין אב ובנו – פרופ׳ אליעזר שקולניק ובנו ד״ר אוריאל שקולניק – שני חוקרי תלמוד הפועלים בתוך האקדמיה הירושלמית.
אליעזר, חוקר סגפן וקפדן שמקדיש את חייו למחקר "טהור", כמעט ואינו זוכה להכרה; מקור גאוותו הוא אזכור חד־פעמי כ"הערת שוליים" בעבודת רבו. לעומתו, אוריאל כריזמטי, מפרסם ספרים נגישים, מרצה מבוקש וזוכה לפרסים – דבר שאביו רואה כפשרה אינטלקטואלית.
נקודת המפנה מגיעה כשמתרחשת תקלה בירוקרטית: "פרס ישראל" שנועד לאוריאל מוכרז בטעות על שם אליעזר. אוריאל ניצב בפני דילמה מוסרית ורגשית: לחשוף את הטעות ולשבור את לבו של אביו – או לשתוק ולבסס שקר שמעניק לאביו סוף־סוף הכרה.
"הערת שוליים" הוא דרמה חדה על אהבה, קנאה והכרה – אבל גם מראה תרבותית: הוא שואל "מי כותב את הסיפור?", "מי מקבל את הקרדיט?", ומה המחיר האנושי שמשלמים בדרך. זהו שיעור על אתיקה, זהות וערך הידע – בכיתה, באקדמיה ובחברה הישראלית.